Diversität beschreibt die Vielzahl von Bakterienarten innerhalb eines Mikrobioms. Wünschenswert ist eine möglichst hohe Diversität, weil viele Keimarten u.a. einen besonders hohen Trainingseffekt für das Immunsystem darstellen. Mindernd wirken in hohem Maße Antibiotika in Nahrungsmitteln und als Medikament.