Im Gegensatz zur Dysbakterie, die eine Fehlbesiedlung innerhalb der Bakterienstämme und Arten bezeichnet, ist mit der Dysbiose eine ganz generelle Fehlbesiedlung gemeint. Diese kann neben den Bakterien auch durch Pilze und Parasiten entstehen. Im täglichen medizinischen Sprachgebrauch meinen wir Ärzte mit dem Begriff Dysbiose eine allgemeine mikrobielle Unordnung – Chaos unter Bakterien und Pilzen.