Im Gegensatz zur Gärungsdyspepsie, bei der eindeutig ein zu hohes Kohlenhydratangebot das Problem bedingt, findet sich bei der Fäulnisdyspepsie eher selten ein zu hohes Eiweißangebot als Ursache der Dyspepsie. Hier haben wir es eher mit gestörten Verdauungsprozessen zu tun. Da wäre einerseits eine mangelhafte enzymatische Spaltungsaktivität in Magen und Dünndarm (Maldigestion) oder eine gestörte Aufnahme der erfolgreich enzymatisch in Aminosäuren gespaltener Eiweiße an einer gestörten Darmschleimhaut (Malabsorption).

In beiden Fällen bleiben Eiweiße (aus Fleisch, Fisch, Eier, Milchprodukte, Hülsenfrüchte u.a.) zum Teil im Darm ungenutzt liegen und werden in den Dickdarm abtransportiert, wo die Fäulniskeime (sofern solche vorhanden sind) schon auf den „gedeckten Tisch“ warten.

Wie bei der Gärungsdyspepsie auch entstehen die Beschwerden nicht durch die unverdauten Nahrungsmittel, sondern durch die bakterielle Aktivität. Neben einer ganz erheblichen Faulgasbildung entstehen toxische Substanzen, die in unserer Blutbahn eine enterale Autointoxikation auslösen können. Die Stühle sind faulig stinkend, oft klebrig und dünnbreiig bis durchfällig.

An dieser Stelle sei erwähnt, daß nicht selten eine Bauchspeicheldrüsenschwäche (Pankreasinsuffizienz) die Ursache für massive Fäulnisprozesse im Darm darstellt. Darum sollte bei jeder Stuhldiagnostik neben den Verdauungsrückständen auch immer die Pankreaselastase gemessen werden.